土地产权制度改革的方案设计，一是要有利于市场在土地资源配置中发挥决定性作用，提高土地资源配置效率；二是要在尽可能与现行法规相衔接的同时，对不合时宜的法规作出修订；三是要确保改革方案的系统连贯性，尽可能不给“走回头路”留下空间；四是要坚持公开、公正，让农民群众在改革中得到好处，具体说来，有以下几点建议：
未实行土地承包制地区的股份合作公司(社)实行“政企分开”“社企分开”
以法律手段确保农区土地承包权永远不变。修订“农村土地承包法”及其他法规的相关条款。新的条款应规定，农村耕地应承包到户，并永远不变。
在一些未实行土地承包制而以土地入股成立农村股份公司的部分地区，可借鉴深圳、南海等东部比较发达的地区的经验，实行“政企分开”“社企分开”体制，完善股份社的治理架构。股份社成员权与农村社区成员权分离。股份社由股东选举出的机构管理经营，村委会行使社区公共事务的管理职能。进入股份社的资产应该是村集体或社区的经营性资产。
公正设置股份社股权，合理量化股权，并使股权相对固化。完善股份社的收益分配机制。探索股份社的非农产业照章纳税，股份社不再向村集体划拨公益金的办法。合理分解村庄的公共开支，应由政府负担的开支由政府负担，实现公共财政全覆盖。
探索农村产权流转市场，促进农村产权合理、合法、有序流动
对于未实行农户土地承包制的农村，在改善公司治理结构及股权量化固化的基础上，安排试点地区，探索建立农户股权交易市场，使农户股权具有可交易性，股份社具有开放性，更大程度上保障农户的财产权。
在经济发达地区安排试点，探索土地承包权流转交易办法。农户土地承包权向他人流转后，与村集体经济组织脱离关系，不再成为村集体经济组织成员，但仍然是社区成员，并享有平等获取公共服务的权利。按照市场化原则确立土地流转办法，政府机构不得直接插手土地流转交易，不得强制土地转让，不得干预交易价格，不得做交易中介。
通过建立“农业保护区”制度，实现农村宅基地管理制度改革的突破
国家建立“农业保护区制度”，将适合农业发展的土地连片划定为农业保护区，替代目前实行的基本农田保护制度，以更有效地保护耕地，放活非耕地管理权限，促进土地要素的市场化。由国土资源部制定并实施农业保护区制度，并考虑通过立法程序将其转变为国家法规。通过改革国家土地规划管理体制，为农村宅基地管理改革顺利推进创造条件。
农业保护区以及其他国家法定保护土地区域之外的土地，由省级以下的人民政府在国家主体功能区建设规划约束下，制定地方性土地规划管理方案。这类区域的农村建设用地统一纳入地方政府土地规划管理体系，实行同地同权。这类区域的村庄用地可以一并规划开发，农民的宅基地及住房在符合规划的条件下可以自由入市。在农业保护区内，村庄全部占地不得用于非农产业开发，农民的宅基地可以继承，可以流转给本村居民。停止农村宅基地的福利性无偿划拨，用多种办法解决历史遗留问题。
